가톨릭교회도 15세기 초부터 교회쇄신에 대한 필요성을 절감하던 중에 프로테스탄트 종교개혁의 자극을 받아 교회개혁에 박차를 가하였다. 교회쇄신을 바라는 사람들이 공의회의 개최를 요구함에 따라 1545년 트렌트에서 공의회(1545-1563)가 개최되었으니 여기서 타락한 교회에 대해 반성하면서 신학과 교리를 재정리하고 교회규율을 혁신하였다.
이 공의회는 종교개혁으로 혼란스러위진 가톨릭 교의를 맹백히 하였고 개혁을 추진하는데 크게 공헌하였다. 이 공의회 이후에 가톨릭교회는 교황 중심의 강력한 중앙집권체제가 정립되면서 교황청을 중심으로 지방교회와 수도원에서 교회쇄신이 일어났다. 트렌트공의회의 개혁정신은 선교활동에서도 나타났는데 종교개혁 이전까지 유럽의 종교로 머물러 있던 가톨릭교회는 리베리아 반도의 가톨릭국가인 포루투갈과 스페인의 신대륙 탐험을 통해서 세계 선교에 나선다.
그러나 17세기 후반에 들어서 유럽의 가톨릭교회는 세계의 여러 나라로부터 정치적, 종교적, 사상적으로 정면 도전을 받게 된다. 특히 국교회 사상과 가톨릭 정통신학을 반대하는 이단운동인 얀세니즘과 계몽주의 사상은 가톨릭신학에 정면 도전하였다.
