동학이 천도교로 개칭되면서 이의 사상적 노선은 유교·불교·선교의 종합을 지향하는 것이었다. 천도교 사상을 알 수 있는 자료로는 손병희가 저술한 《각세진경(覺世眞經)》 《도결(道訣)》 《삼전론(三戰論)》 《천도태원경(天道太元經)》 《무체법경(無體法經)》 《몽중문답가》 《무하사》 《권도문》 등이 있다. 또한 양한묵(梁漢默)의 《동경연의(東經演義)》는 《동경대전(東經大全)》을 체계적으로 해석한 저술로 천도교교리형성에 커다란 영향을 미쳤다. 그 중 특히 《각세진경》과 《도결》은 동학에서 천도교로 이행하는 과정에서의 교리변천을 잘 나타내고 있다. 여기에서는 초기의 따시천주딱라는 표현이 따시천딱으로 바뀌어 있는데, 이는 하늘이 음양의 변화가 유래하는 근원이며 만물의 생성원리를 뜻하는 것이므로 존경의 대상이 될 수 없기 때문이다. 즉 초월적이고 인간외재적인 신이 아닌 내재적인 신이 나타나고 있다. 이러한 사상적 경향은 더욱 진전되어 1905년을 전후로 나타난 《대종정의(大宗正義)》에서는 따인시천인(人是天人)딱에서 나아가 따인내천(人乃天)딱이라는 표현이 확립되었다. 이는 자기의 마음을 스스로 깨달으면 그 몸과 마음이 곧 하늘이므로, 하늘을 모시는 것이 내 마음을 모시는 것이라는 의미이다. 여기에서 마음은 순수한 마음, 즉 성(性)을 뜻하며 이(理)와 연결된다. 이 따인내천딱 사상은 따삼계(三界)는 오직 마음이다딱라는 대승불교의 따삼계유심(三界唯心)딱과도 통한다. 백인옥(白仁玉)의 《인내천해(人乃天解)》에서는 인간의 성과 몸이 천에서 유래된 것으로서, 인간은 소분천, 천은 대분천이므로 인내천이라고 하였다. 또한 천은 오직 인간을 통해서만 만물을 다스릴 수 있으므로 인간이 천을 대신하여 만물을 다스린다는 의미에서도 인내천이라 하였다. 결국 천도교의 중심교리는 천도를 알고 순응하여 현세에서 지상천국을 이루는 것이다. 이를 위해 주관적으로는 개인의 인격을 완성하여 정신개벽을 이루고, 객관적으로는 평등하고 윤리적인 사회를 건설하여 세계의 신앙을 통일함으로써 세계를 하나로 만들어야 한다고 주장한다. 교조인 최제우(崔濟愚)는 천도교의 중심사상을 따인이시천(人以侍天)딱 따인즉천(人卽天)딱이라 하였고, 손병희는 따인내천딱이라 표현하였다. 기본경전으로는 《용담유사(龍潭遺詞)》 《동경대전》이 있다.
