1921년 나바위본당 논산공소에서 논산본당으로 분리 독립하고, 초대 루블레(Rouvelet, 黃惠中) 신부가 부임, 논산읍 망월동에서 첫 미사를 봉헌하였다. 이듬해에 현 위치인 부창동에 대지를 매입, 사제관을 신축, 1923년 2대 공베르(J. Gombert, 孔安世) 신부가 부임, 구 성당건물을 신축하였다(현재 강당으로 잔존). 6대 조인원(趙仁元, 빈첸시오) 신부 때인 1946년 강경본당이 분리되어 나갔고, 1947년 대건 중 · 고등학교가 설립되었다. 8대 생제(Singer, 成載德) 신부 때인 1954년 현 사제관을 신축, 1958년 연무대본당이 분리되어 나갔으며 1961년 현 성당건물 준공, 같은 해 생폴 여자중 · 고등학교가 설립되었다. 11대 김영곤(金榮坤, 필립보) 신부 때인 1975년 대교동(현 논산중앙)본당이 분리되어 나가면서, 이 성당의 명칭도 논산본당에서 논산 부창동본당으로 바뀌었으며, 14대 유재식(兪載植, 안셀모) 신부가 1982년에 부임, 현재에 이르고 있다. 이 본당의 주보는 루르드의 성모, 신자수는 2,774명(1984년 현재). 경내에 샤르트르 성 바오로 수녀회 수녀원이 있다.
