① 사제를 양성하는 신학교가 신학생들에게 영적인 지도를 하기 위해 설립, 운영하는 교육기관으로, 일종의 기숙사(house of study) 구실도 한다. 신학생들은 이곳에서 영적 지도신부의 지도 아래 함께 모여 공부하고, 생활하면서 정규 교과과정 이외의 영신수련을 쌓는다. 우리나라에는 가톨릭대학, 대건신학대학, 선목신학대학 등에 설립되어 있다. 그 밖에도 수도사제의 양성을 위해 수도자를 신학교에 위탁, 교육시키고 있는 수도회에서도 따로 신학원을 마련하여 영적 교육을 실시한다. 이러한 신학원으로는 꼰벤투알 성 프란치스코 신학원, 성 베네딕토회 신학원, 수도자양성 신학원, 예수 고난회 신학원, 예수회 신학원, 평화의 모후 신학원 등이 있다.
② 수도자나 평신도들에게 신학교육을 실시하는 기관으로서의 신학원(theological institute)은 신학의 교육에 중점을 둔다. 이러한 신학원은 공동생활을 하지 않는다. 서울의 가톨릭교리신학원, 부산과 대구의 가톨릭신학원 등이 그것이다.
