여주본당 주보로 ‘성 바울로’를 모신 이 본당은 1950년 4월 이천본당에서 분리 설정되어, 윤병희(尹炳熙, 바오로) 신부가 초대 본당신부로 부임하였다. 2개월 만에 6.25동란이 일어나 성당을 소실하고, 얼마 동안 다시 이천본당에 편입된 파란을 겪었다. 1953년에 최석호(崔奭浩, 바오로) 신부가 2대 본당신부로 부임하자, 한옥을 사들여 임시성당으로 사용하다가 교우들의 열성적인 성미(誠米)운동을 기초로 미군부대의 원조를 얻어, 경기도 여주군 여주읍 하리 215번지에 대지 1,300평을 마련하고, 1955년 4월 블록벽돌로 88평의 성당을 지어 축성식을 올리는 한편 80평의 유치원도 지어 개원하였다. 1954년말 총교세는 602명.
여주본당은 1956년 무렵부터 연례행사로 본당 및 각 공소 주일학교 대항 교리 경시대회를 대대적으로 개최하여 큰 성과를 거두고 있다. 1962년 조창희(趙昌熙, 베네딕토) 신부의 재임 중 수원교구로 편입되었다. 현 성당은 서종선(徐鍾善, 토마스) 신부가 부임한 뒤, 1981년 9월 구성당을 철거하고, 10월에 착공하여 교우들의 정성으로 모은 2억여원의 공사금으로 고딕양식의 현대건물을 지어 1982년 10월 20일 축성된 것이다. 현재 신자총수는 2,250명이고, 관할 공소는 16개소이다.
그 동안 이 본당을 맡았던 주임신부는 다음과 같다. 초대 1950년 2월 윤병희, 2대 최석호, 3대 김윤상(金允相, 베네딕토), 4대 조창희(趙昌熙, 베네딕토), 5대 이종순(李鐘淳, 라우렌시오), 6대 김창린(金昌麟, 필립보), 7대 김병열(金炳烈, 보니파시오), 8대 김영옥(金榮玉, 가브리엘), 9대 배문한(裵文漢, 도미니코), 10대 유진선(柳眞善, 레오), 11대 이중현(李重鉉, 요한), 12대 서종선 신부였으며, 현재는 서범석(徐範錫, 요셉) 신부가 부임하여 13대 주임으로 있다.
