1901년(광무 5년)에 일어난 천주교인과 제주도민 사이의 충돌사건으로 대표적인 교안(敎案)의 하나이며 ‘신축교난’(辛丑敎難)이라고도 한다.
제주도에 복음의 씨앗이 뿌려진 시기는 1856년 무렵이지만, 본격적인 전도는 페이네(Peynet, 裵) 신부와 김원영(金元永) 신부가 파견된 1899년부터 이루어졌다. 1년 뒤 페이네 신부가 전임되면서 라크루(Lacrouts, 具) 신부가 부임하였고, 곧 이어 김원영 신부의 후임으로 무세(Mousset, 文) 신부도 부임하였다. 이러하여 선교사 파견 2년 뒤인 1901년에는 교우 242명, 예비교우 700여명으로 교세가 확장되었다. 이 때 강봉헌(姜鳳憲)이란 사람이 제주도 봉세관으로 파견되어 온갖 잡세를 거둬들임으로써 도민들의 원성을 사고 있었다. 그런데 잡세를 거둬들인 마름[舍音]이나 잡색(雜色)들 가운데 교우들이 많았기 때문에 이러한 원성이 천주교에도 미치게 되었다. 게다가 교회는 매입한 목장과 공유지로 있던 신목(神木)을 베어 내거나 신당(神堂)을 헐어 버림으로써 토착신앙이 뿌리깊이 박혀 있던 도민들의 반발을 사게 되었다. 이러한 도민들의 원성과 반감을 이용, 대정군수 채구석(蔡龜錫)과 유림(儒林)의 좌수 오대현(吳大鉉)은 일본상인들과 결탁하여 상무사(商務社)란 비밀결사를 조직, 봉세관과 교회에 대항하려 하였다. 이 중 오대현은 강우백, 이재수 등과 함께 도민들을 규합하고, 일본인들로부터 입수한 무기로 무장하여 1901년 5월 봉세관이 있는 제주읍을 공격하였다. 이들은 제주읍을 공격하는 한편 교우들을 학살하였고, 이에 대항하여 라크루 신부는 교우들을 이끌고 제주읍을 방어하면서 중국 상해로 사람을 보내어 프랑스함대에 구원을 요청하였다. 그러나 5월 28일 제주성은 도민들에게 함락되었고, 교우 500여명이 처형당하였다. 6월 1일 프랑스군함의 도착으로 소요가 가라앉았고 뒤이어 정부에 파견한 강화진위대에 의해 사태가 수습되었다. 봉세관 강봉헌, 대정군수 채구석, 오대현, 강우백, 이재수 등이 체포되어 서울로 압송되어 제주교난은 막을 내렸다. 이 과정에서 희생된 사람은 교우 700여명, 도민 200여명 등 총 900여명이었다. 제주교난 사건은 재판과정에서 오대현, 강우백, 이재수의 사형으로 끝이 났지만, 교회에 대한 배상금문제, 희생자 매장지문제 등으로 오래 지연되었고, 희생자의 매장지가 황사평(黃沙坪)으로 결정되면서 매듭지어졌다.
제주교난의 원인은 ① 해체기에 이른 봉건사회에서 지배계급에 대한 백성들의 항쟁이 천주교신자와의 항쟁으로 발전되었다는 점, ② 일본제국주의자들이 한반도를 배타적으로 독점하기 위해 프랑스인들을 구축하려는 과정에서 발생했다는 점, ③ 신부의 특권을 이용하려는 일부 신자들이 신부의 특권을 미끼로 민간에 많은 행패를 부려 도민의 원성을 사고 있었다는 점, ④ 토착민의 문화를 무시하고 신목과 신당을 없앰으로써 토착문화와 갈등을 빚고 있었다는 점 등이 지적될 수 있다.
