계시종교에 대비되는 말로 인간 이성으로 발견할 수 있는 신에 대한 의무를 총칭하여 자연종교라 한다. 계몽시대의 합리주의자들에 의해 자연종교라는 것이 주장되었는데, 이들에 의하면 종교의 본질이란 기성종교의 교의 · 신조 속에 있는 것이 아니라 이성이나 경험에서 종교의 본질을 발견할 수 있다고 한다. 그러므로 자연 종교란 종교사나 비교종교학 등 일반 종교연구 분야에서 이야기되는 자연적인 종교(nature religion)[원시인이나 미개인이 신봉하였던 원시종교]와는 구분된다. 자연중교에 대한 탐구는 ① 종교개혁 이후 격렬하게 전개된 가톨릭과 개신교의 논쟁과 투쟁으로 그리스도교의 권위가 동요되기 시작하고, ② 과학의 발달과 교역의 확대로 그리스도교의 세계관에 대한 의문이 제기되기 시작한 17~18세기의 지적인 상황을 반영하여 나타났다. 당시의 철학자나 사상가, 과학자들은 “종교의 진리와 본질이란 도대체 무엇인가”라는 의문을 제기하면서 기성종교의 권위에 도전하였다.
유리주의자(唯理主義者) 프랑스의 보댕(J. Bodin)이나 영국의 허버트(E. Herbert of Cherbury)에 의해 전개되어 영국의 로크(J. Locke) 등에 의해 이신론(理神論)으로 발전된 자연 종교는 “종교란 모든 인간에게 선천적인 것이고, 따라서 특별한 계시라는 것은 소용없을 뿐 아니라 해로운 것”이라 하여 계시종교에 반대하고, 최고신(最高神)의 존재, 영생(永生)에 대한 희망, 상선벌악(賞善罰惡)에 대한 신앙 등이 참된 종교의 본질적인 핵심이라 하였다. 틴달(Tindal) 같은 이는 그리스도교는 이 핵심으로 축소되어야 한다고 하였다. 이러한 사상은 톨란드(J. Toland), 뉴톤(I. Newton), 볼테르(Voltaire) 등의 계몽사상가들에 의해 계승되었고, 루소(J.J. Rousseau)는 모든 올바르고 참된 종교는 선과 미에 대한 사랑에서 성립된다고 주장하여 그리스도도, 계시도, 구속(救贖)도 없는 종교를 주장하기도 하였다. 교회는 이자연종교 사상을 이단으로 배척하였다.
